芯片为染色质免疫共沉淀 (ChIP) 和甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP) 实验设计，该芯片设计超过 460万探针，覆盖人类基因25,500个启动子区域。
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SNP 6.0芯片让研究人员可在初次扫描和重复阶段开展大样品量的关联研究，从而大大增强研究的整体遗传。
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公司基于GeneChip平台设计的 SNP 6.0 芯片可用于全基因组SNP分析和CNV分析，能够进行Copy-neutral LOH/UPD检测，亲子鉴定，纯合性分析、血缘关系鉴定。
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了解编码药物代谢酶和药物转运蛋白的基因中的常见变异，能预测个体的遗传变异对代谢能力的影响，从而有可能大大有利于临床研究。
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应用Rat Gene2.0芯片全转录组基因表达芯片，可对大鼠进行基因水平、外显子水平及可变剪切分析。
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许多疾病，包括癌症，往往可以被看做是由基因表达错乱所引起的。miRNA4.0芯片是一个强大的工具，有助于研究非编码RNA的作用及其在发育和生理机制中的参与程度。
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CHO Gene2.0全转录组基因表达芯片专为中国仓鼠细胞系 (Chinese hamster ovary, CHO)设计，该芯片探针总数超过135万条，平均每个转录本最高达23条探针覆盖。
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在继CytoScan® HD芯片上市大获成功之后，Affymetrix公司又在此基础上研发了一款更加适合临床诊断的细胞遗传学检测芯片。
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MyGeneChipTM 定制芯片可以提供各种动植物及微生物的基因表达和基因分型芯片设计，可用于全转录组（whole-transcript, WT）基因表达‵分析、外显子水平分析、ChIP-on-chip、转录本作图 (transcript mapping)、SNP 发现、3' 端基因表达分析、再测序(Resequencing)和全基因
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小鼠模型已被证明是研究生物分子相互作用和人类疾病的一种宝贵工具。小鼠基因组与人类基因组有类似之处，通过用一个改变的或失活的版本代替基因或使基因灭活，可方便地操纵小鼠基因以模仿人类疾病状态。
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